Catedral de Passau, Bavaria

Sus alumnos incluyeron a varios miembros jóvenes de la familia real, entre ellos la futura emperatriz María Theresia; fue promovido a segundo organista en 1729 y primer organista en 1741 y al parecer dejó de componer música después de esta última promoción, retirándose finalmente en 1763.

Muffat fue el principal compositor para teclado de Viena en el siglo XVIII, y escribió pocas obras aparte de la música de teclado. En general usó los estilos y formas Italianizantes tradicionalmente preferidos en Viena. Particularmente conservadores son sus "72 Versetl sammt 12 Toccaten" (Viena, 1726) y sus 32 ricercares estrictamente contrapuntísticos (1733); los últimos, como el Arte de la Fuga de Bach, están anotados en partitura abierta. También compuso más de 30 toccatas (algunas de las cuales se parecen a las de su padre) y algunos capriccios, preludios, etc.

Sus trabajos más progresistas son las seis suites para teclado de sus "Componimenti musicali per il cembalo" (Augsburg, ca. 1739). Éstos combinan rasgos galantes y escritura contrapuntística, y muestran la influencia de compositores franceses (especialmente Couperin) y también de Haendel y Fux. Haendel a su vez copió bastantes de las suites de Muffat en algunos de sus propios trabajos.